皇帝，庙号兴宗，嫡母常氏为孝康皇后。

尊其生母吕氏为皇太后，册妃马氏为皇后。

封其弟朱允熥为吴王，朱允熞衡王，朱允熙为徐王，立皇长子朱文奎为皇太子。

朱允炆还诏告天下，求贤访能，推行一系列有利于民生的措施，赐给年老的百姓米肉絮帛等物资，令官府收养鳏寡孤独废疾者。

同时重农桑，兴学校，考察官吏，赈罹灾贫民，蠲免赋税等，又令侍郎暴昭、夏原吉等二十四人充采访使，分巡天下。

洪武三十一年（1398年）八月，周王朱橚有罪，被废为庶人，流放云南 ；十一月，命工部侍郎张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，暗中监察燕王府中事 。

建文元年（1399年）二月，下诏诸王不能节制王府的文武官吏；三月，为了防备封在北平的燕王朱棣，削弱其兵力，朱允炆令都督宋忠、徐凯、耿瓛率兵驻扎在北平周围的开平、临清、山海关，又将北平、永清二卫的军马调至彰德和顺德 。

夏四月，湘王朱柏无以自明，自焚而死，齐王朱榑、代王朱桂因罪废为庶人；六月，岷王朱楩有罪，废为庶人，流放漳州。

在建文削藩的过程中，朱棣也为起兵造反做了充分的准备，建文元年（1399年）六月己酉，燕山左护卫千户倪谅将朱棣密谋兵变的消息上报，朝廷下诏逮捕燕王府官僚，旗校于谅等人因此被诛杀，而北平都指挥张信则背叛朝廷，投降了朱棣。

建文元年秋七月（1399年8月），燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”,史称“靖难之役”。

建文朝廷和燕王之间开始了一场持续三年的军事对峙。

靖难之初，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。

南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国，朝鲜国王李芳远都公开表示支持朱允炆打燕王。

但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。

随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。

直至节节败退，许多将领投降了燕王。

建文四年（1402年）五月二十日，朱棣率师抵达长江北岸的南京龙江驿，朱允炆无力抵抗，只得下罪己诏，并派庆成郡主（庆阳公主）与朱棣谈判，以割地为条件要求停战议和，但没有成功。

同时，朱允炆颁布勤王诏书，下令天下勤王：“朕奉皇祖宝命，嗣奉上下神只，燕人不道，擅动干戈，虐害万姓，屡兴大兵致讨。近者诸将失律，寇兵侵淮，意在渡江犯阙，已敕大将军率师控遏，务在扫除，尔四方都司、布政司、按察使及诸府卫文武之臣，闻国有急，各思奋其忠勇，率慕义之士、壮勇之人，赴阙勤王，以平寇难，以成大功，以扶持宗社。呜呼！朕不德而致寇，固不足言，然我臣子其肯弃朕而不顾乎？各尽乃心，以平其难，则封赏之典，论功而行，朕无所吝。故兹诏谕，其体至怀！”

六月十三日，朱棣抵达金川门下。

谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。

燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。

当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后，处死忠于建文的诸臣，史称“壬午殉难”。

在财政方面，建文朝廷也制定了一些新措施，以减轻前朝某些过重的税收。

其中最重要的是减少了江南的过度的土地税，尤其是减少了富庶的苏州和松江这两个府的土地重税。

这些减税措施是继续了洪武朝即已开始的减免政策，但是它们大大超过了以前的办法。富庶而人口稠密的江南地区自王朝开国以来就被课以重税，从而使这里提供了主要的财源。

原来的税款意在实行惩戒。

1380年4月洪武帝曾下令减税20%，但是即便如此，这里的土地税仍然过于沉重。

例如在1393年，仅苏州一地就得全年交纳281万石粮米，这就是帝国2940万石全部土地赋税的9.5%。这样是太不平等了：苏州仅占帝国登记在册的耕地的1\/88。

由于这样过重的苛索，当地人民往往不能交足规定的税额，特别在凶荒年代