一年时间，周王、岷王、湘王、齐王、代王先后被废。

朱棣则在加紧活动。他挑选壮士充实自己的护卫军，以勾逃军为名，收罗异人术士。表面上，朱棣藏起锋芒，假称有病， 暗中则加紧练兵。他还利用燕府崇深之便，赶制军器。

接着，朱允炆令张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平（今北京市），另以都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，并调检燕府护卫军士，加强对燕王防范措施。

朱棣的佯狂只不过是缓兵之计，为了在大军到来之前做好准备，他命令亲信护卫指挥张玉、朱能率将士八百人入卫王城。

这时，北平都指挥使谢贵已经接到朝廷的命令，带领在城的七卫军队和屯田军士包围了王城，并用本栅截断了端礼门等的通道。朝廷削夺朱棣王号和逮捕燕府官属的诏书也在这时到达北平。

建文元年（1399年）六月，齐泰将燕使邓庸下狱审讯，具得朱棣将举兵反状，乃发兵逮燕府官属，并密敕张信逮捕朱棣。张信为朱棣旧部，此时遂降朱棣，朱棣随即为备。

七月，朱棣以计（以装疯麻痹张昺、谢贵二人）擒杀张昺、谢贵，并命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门，遂据北平。

后以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。

革除建文年号，仍称“洪武三十二年”。

他谕令将士，同时上书朝廷，声称根据《祖训》“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶。”

从此便开始了一场历时四年之久的战争，史称“靖难之役”。

战事之初，因北方诸将多朱棣旧部，降朱棣从战者甚多。朱棣先后下居庸关、怀来，捕获南军将领宋忠，趁势攻下遵化，永平投降。

建文元年（1399年）八月，朱允炆以太祖旧将耿炳文为大将军，率师30万伐朱棣。大军到达真定（今河北省正定县），先锋抵雄县，为朱棣所袭，9千人全部战死，复战于真定，又大败。

朱允炆遂以勋戚李景隆代耿炳文。

九月，江阴侯吴高带领辽东兵马围困永平。

李景隆合兵五十万，进军至河间扎营。

十月，朱棣亲自率精骑袭大宁，执宁王朱权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵（相当于雇佣兵，均为蒙古骑兵，战斗力极强），兵力骤增。

李景隆乘虚攻北平，但不能克（朱棣长子朱高炽镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城）。燕王师自大宁返回后，于郑村坝大破李景隆军。

李景隆退军德州，朱棣趁机攻打蔚州、大同，引李景隆派兵救援、劳师无功。

朱允炆被迫罢兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓燕师。