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初四日，司礼监掌印太监王体乾请求辞职，朱由检不允。

九月二十五日，魏忠贤上书乞请停止为其建立生祠，朱由检批准以前生祠保留如故，不再新修 ，又夸魏忠贤“有功不居，更见劳谦之美”。

十月，朱由检又以“赞襄典礼”（协助完成登基大典）和东江战功（毛文龙在丁卯之役中的战功）为名给魏忠贤、王体乾等荫官（给予其家属锦衣卫官职）。

通过对魏忠贤、王体乾及其党羽的恩荫赏赐，在一定程度上打消了他们的疑虑，也麻痹了他们。

铲除魏忠贤的行动始于“阉党”内讧。

九月十六日，“阉党”成员南京通政使杨所修参劾崔呈秀等，朱由检反而“责其轻诋” ；十月十四、十九日，另一“阉党”成员云南道御史杨维垣两度参劾崔呈秀各种罪状。

崔呈秀内心不安，请求回家守制，朱由检在十月二十一日批准其请。

崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象。

自十月二十三日以来，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状 ，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”等十条“滔天之罪”。

魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉。

朱由检不为所动，命内侍当庭诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。

之后，魏忠贤以身体不适为由，请求辞职。

徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。

十一月初一日，朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。

魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减。

十一月初四日，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。

行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢。

客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。

其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”。

魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。

朱由检剪除魏忠贤后，兢兢业业，励精图治，力图挽回明朝的衰落，实现中兴之伟业。

崇祯元年（1628年）正月十二日，他训诫群臣，他自己也以身作则，勤于政事。

他始终坚持经筵与日讲，不仅学习儒家经典，也作为听取讲官意见、与朝臣讨论时事的一个重要渠道，即使“边报纷纭”，经筵、日讲依然如故，甚至更加“精勤”。

朱由检每天“鸡鸣而起，夜分不寐”，宫中从无宴乐之事。

他不仅坚持常朝，而且除了盛暑严寒之外，都会去文华殿召见重臣，讨论政事。

他从未懈怠于批阅奏章，往往“批阅至丙夜不休”，甚至还在半夜下达圣旨。

朱由检不仅在明朝皇帝中以勤勉着称，甚至被臣下誉为“汉、唐以来良所稀见”。

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