他主张废除分封制，设立郡县制，以加强中央集权和国家的统一，全国被分成三十六郡，后增至四十余郡，这些郡县完全听命于中央和皇帝。

他统一文字，以秦国文字为基础，整理出笔划简便、写法一致的文字，称为秦篆（又称小篆），并废除了其它异体字。

李斯建议秦始皇统一度量衡，以秦国原有的度、量、衡为标准进行改进，制成统一后的标准器发布全国，禁止使用与标准器不同的度、量、衡。

他还向秦始皇建议废除原来六国流通的货币，在全国范围内统一使用秦货币，规定货币的单位和兑换率，将货币制造权收归国家。

此外，他还建议全国统一车轨，将车辆的轮距一律改为六尺，并修筑以都城咸阳为中心的“驰道”以及由咸阳向北延伸的直道，形成四通八达的道路网络。