通百姓一样善待老师，朱元璋起初不肯听从，马皇后陪太祖吃饭时既不吃肉也不喝酒，称在为宋先生做福事，太祖听后顿觉伤感，放下筷子站起身，第二天便赦免了宋濂的死罪，将他安置在茂州。

明朝胡惟庸案始发于1380年，在马皇后干预下，朱元璋诛杀了一批人，但没有牵连太多；十年后胡惟庸案再起波澜，此时马皇后已经病逝，朱元璋大开杀戒，有3万多人因之遭到诛杀。

马皇后不仅保护了明朝开国功臣，同时也荫及了平民百姓，明初富可敌国的富豪沈万三，便得益于马皇后的护佑而免于一死。

1382年八月，马皇后患重病卧床不起，朱元璋遍寻天下名医为她诊治，但马皇后深知自己病重难医，唯恐朱元璋因自己服药后病情未好转而迁怒降罪于医生，故坚决不肯服药，当月便溘然长逝，享年五十一岁，九月庚午葬于孝陵，谥号“孝慈皇后”。

永乐元年（1403年），明成祖朱棣为马皇后上尊谥为“孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后”；嘉靖十七年（1538年），明世宗又尊奉为“孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后”，是明代谥名最长的皇后。

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