法国第一执政官时，他就着手建立欧洲秩序，他从法国影响最直接的德国开始。第一步，他企图同新沙皇亚历山大一世建立友好关系。亚历山大一世是在拿破仑夺取政权不久，他的父亲被暗杀后继位的。拿破仑还从来没有和别人，像和这位神经质的，野心勃勃的，同他一样不可靠的对手玩过这么长时间的猫和耗子把戏。于是，1803年，巴黎和圣彼得堡终于预先决定了雷根斯堡帝国国会的最后命运。其结果是早已名存实亡的神圣罗马帝国的寿终正寝，发出临死前的哀鸣。那些站在灵柩旁边诸侯们并不悲伤，相反，他们纷纷向那个靠武力获得继承权的年轻陌生人大献殷勤。最后波拿巴·拿破仑废除了112个帝国宗主国，但仍保留少数诸侯，并在他们之间重新分配了领土，致使当时德国西部的地图看上去像一头黑白斑点的小毛狗。

一个好现象是，几乎所有的教会邦国不复存在了，德国现在也像其他的欧洲国家一样（不包括意大利），只由世俗的君主国组成的。在这个过程中，被吞没的莱茵河右岸的教会邦国的总面积和现在的巴伐利亚州一样大。从而虽然比别的国家晚300年，最终还是结束了德意志的中世纪时代。当时留下的有53个天主教及73个耶稣教教会邦国。普鲁士在这场交易中，获利最大，它所得到的是它所失去的五倍。因为波拿巴希望削弱奥地利在帝国中的地位；他同时在德意志南部建立了三个服从他的仆从国——巴伐利亚、符腾堡和巴登。