但这时候的葛佩琦，已成了豫东敌占区日本特务机关黑名单上的赫赫人物。1942年秋，当他又一次潜入商丘虎穴时，很快就被日本特务看在眼里，日本宪兵队紧急通知全城的伪军对所有城门加强岗哨，协助宪兵特务大搜捕。幸好，伪军的一位营长是中共地下党员，并曾是葛佩琦组织豫东游击队时的一名大队长，他火速通知了葛佩琦所领导的商丘联络站主任、掩护身份是伪军教导团军需主任的牛景康；牛景康又火速跑到联络站的掩蔽所陈公馆，让葛佩琦脱下伪军军服，机警地转到年久失修、部分城墙坍塌的城东北角，用一根绳子把葛佩琦放到墙外，才得以脱险。

1943年春，侵华日军总司令部为笼络汉奸部队，在南京召开了伪军师长以上军官才能参加的“高级军事会议”。葛佩琦属下的一名情报员，给豫东的一名大字不识的伪军师长当参谋和翻译。会议结束后，这位“参谋和翻译”遵照葛佩琦的事先叮嘱，将全部会议文件都带了回来交给葛佩琦。其中有一张“大东亚共荣圈”示意图，即一定要打通从朝鲜、东北、北平、武汉、广州的铁路线，从而支持进攻缅、泰、印度支那和印度的战线，并从陆地一侧以配合巩固对南洋诸岛国的占领。葛佩琦估计，日寇很可能要出兵进攻还在抗日力量控制下的平汉铁路若干重要路段，立刻将这张示意图复制了两份并附上他的分析估计，分别报给了中共西安地下情报站和国民党第一战区司令长官部，望最好及早提防。